CARINNA est structurée en plusieurs départements thématiques :
- EUROPOL’AGRO :Valorisation des Agro-Ressources et Développement durable de l’Agriculture régionale
- MAPI : Matériaux Avancés et Procédés mécaniques Innovants
- ICOS :Information, Communication, Organisation et Sécurité des systèmes
- SANTE : Interactions cellules – environnement dans le cancer, les pathologies infectieuses et le vieillissement
Les Sciences Humaines et Sociale (SHS) sont traitées de manière transversale.
Ces approches thématiques sont complétées par d’autres départements :
- INCUBATEUR REGIONAL : accompagne les créateurs d’entreprises innovantes en lien avec la recherche publique (en amont de la création, pour valider la technologie et le marché)
- RDT : détecte et accompagne les besoins des entreprises en terme d’innovation
- ACTIONS INTERNATIONALES : accompagnent les entreprises et les laboratoires dans l’élaboration de programmes européens de recherche et d’innovation